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title: "Diagnostic IDEAv4"
date: "Analyse du `r format(Sys.Date(), '%d %B %Y')`"
output: 
  officedown::rdocx_document:
    reference_docx: templates/template.docx
    toc: true
subtitle: Eléments de sortie d'analyse de groupe - Version 2.0
params:
  outdir : "tmp"
  data: "data"
  dpi: 320
---

```{r setup, include=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(
	echo = FALSE,
	message = FALSE,
	warning = FALSE,
	dpi = params$dpi,
	out.width = "100%"
)
library(officedown)
library(officer)
library(data.table)
```

```{r input, include = FALSE}
outdir <- params$outdir
IDEA_plots <- params$data
IDEAdata <- IDEA_plots$data
metadata <- IDEAdata$metadata
n_farm <- nrow(metadata)

IDEATools::write_idea(IDEA_plots,output_directory = outdir,type = "local", dpi = params$dpi, quiet = TRUE)
```

```{r}
fpar(ftext(paste0("Nombre d'exploitations : ",nrow(metadata)),prop = fp_text(bold = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
```

NB : Analyse reposant sur un échantillon d'une base de donnés non représentative des exploitations agricoles françaises

```{r}
fpar(run_linebreak())
fpar(external_img(src = "bandeau.png", width = 6.5, height = 0.9))
fpar(run_pagebreak())
```

# Principales caractéristiques structurelles

Nombre d'exploitations : **`r n_farm`**

```{r}
metadata <- metadata |>
  transform(MTD_02 = round(MTD_02, 1)) |>
  transform(MTD_15 = round(MTD_15, 1)) |>
  transform(MTD_03 = round(MTD_03, 1)) |>
  transform(MTD_08 = round(MTD_08, 0)) |>
  transform(MTD_09 = round(MTD_09, 0)) |>
  transform(MTD_10 = round(MTD_10, 0)) |>
  subset(select = c(MTD_02, MTD_15, MTD_03, MTD_08, MTD_09, MTD_10)) 

reference_list <- IDEATools:::reference_list
reference_list$metadata <- data.table::as.data.table(reference_list$metadata)

data.table::setDT(metadata)

metadata <- data.table::melt(metadata, id.vars = NULL, measure.vars = names(metadata)) |> 
  merge(reference_list$metadata, by.x = "variable", by.y = "metadata_code")

metadata <- metadata[,.(Variable = metadata_name, value = value)][, .(value), by = Variable]

metadata[, .(
  "Percentile 5" = stats::quantile(value, 0.05, na.rm=TRUE),
  "Quartile 1" = stats::quantile(value, 0.25, na.rm=TRUE),
  "Moyenne" = round(mean(value, na.rm=TRUE)),
  "Médiane" = stats::median(value, na.rm=TRUE),
  "Quartile 3" = stats::quantile(value, 0.75, na.rm=TRUE), 
  "Percentile 95" = stats::quantile(value, 0.95, na.rm=TRUE)
), by = Variable] |>  
  transform(Variable = c("SAU (ha)","UTH","Capital d'exploitation (€)", "EBE (€)", "Résultat courant (€)", "Part des PP dans la SAU (%)")) |> 
  gt::gt() |> 
  gt::tab_header(title = "Caractéristiques numériques") |> 
  gt::tab_options(table.width = gt::pct(100))
```

\newpage

```{r}
metadata <- IDEAdata$metadata
unique_age <- unique(metadata$MTD_05)

unique_atelier <- data.frame(MTD = unique(metadata$MTD_12)) |> transform(MTD = ifelse(MTD == "1", yes = "oui", no = "non")) |> unlist(use.names = FALSE)

unique_elevage <- data.table::data.table(MTD = metadata$MTD_14)[, MTD := data.table::fcase(
  MTD == 0, "Pas d'élevage",
  MTD == 1, "Monogastrique",
  TRUE, "Herbivore"
)][, .(MTD)][, unique(MTD)]

possible_age <- data.table::data.table(
  metadata_name = "Tranche d’âge du chef d’exploitation",
  value = c("-25","26-35","36-45", "46-55","56-65","65+"),
  n = 0
) |>
  subset(!value %in% unique_age)

possible_atelier <- data.table::data.table(
  metadata_name = "Atelier hors sol",
  value = c("oui","non"),
  n = 0
) |>
  subset(!value %in% unique_atelier)

possible_elevage <- data.table::data.table(
  metadata_name = "Type d’élevage",
  value = c("Pas d'élevage","Monogastrique","Herbivore"),
  n = 0
)|>
  subset(!value %in% unique_elevage)


metadata_selected <- data.table::as.data.table(metadata)[, .(MTD_05,MTD_06,MTD_11,MTD_12,MTD_13,MTD_14)]

metadata_selected <- metadata_selected[, MTD_12 := ifelse(MTD_12 == "1", yes = "oui", no = "non")]

metadata_selected <- metadata_selected[, MTD_14 := data.table::fcase(
  MTD_14 == 0, "Pas d'élevage",
  MTD_14 == 1, "Monogastrique",
  TRUE, "Herbivore"
)]

reference_list <- IDEATools:::reference_list
reference_list$metadata <- data.table::as.data.table(reference_list$metadata)

metadata_long <- data.table::melt(metadata_selected, measure.vars = names(metadata_selected)) |> 
  merge(reference_list$metadata[, .(metadata_code, metadata_name)], by.x = "variable", by.y = "metadata_code")

metadata_long <- metadata_long[, .(metadata_name, value)][, metadata_name := ifelse(grepl(x = metadata_name, pattern = "Atelier"), yes = "Atelier hors sol", no = metadata_name)]

metadata_count <- metadata_long[, .(n = .N), by = .(metadata_name, value)]

metadata_count <- data.table::rbindlist(list(metadata_count,possible_age, possible_elevage, possible_atelier))

metadata_count[, c("Nom", "Modalité", "Nombre d'exploitations") := .(metadata_name, value, n)][, .(Nom, Modalité, "Nombre d'exploitations" = n)] |> 
  gt::gt() |> 
  gt::tab_header(title = "Caractéristiques catégorielles") |> 
  gt::tab_options(table.width = gt::pct(100))
```

\newpage

```{r}
fpar(run_pagebreak())
```

# Lecture de la durabilité : approche par les trois dimensions de la durabilité

## Résultats collectifs globaux pour les trois dimensions

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Distribution_dimensions.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 5.68))
fpar(ftext('Figure 1 : Distribution des notes obtenues pour chaque dimension de la durabilité',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
fpar(run_pagebreak())
```


## Résultats individuels globaux pour les trois dimensions

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Histogramme_dimensions.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 5.68))
fpar(ftext('Figure 2 : Visualisation des notes obtenues par chaque exploitation pour chaque dimension de la durabilité',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
fpar(run_pagebreak())
```

## Résultats lus selon les 13 composantes

```{r}
fpar(run_linebreak())

img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Distribution_composantes.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 5.1))
fpar(ftext('Figure 3 :  Distribution des notes de duabilité obtenues pour chaque composante',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
fpar(run_pagebreak())
```

## Résultats détaillés par indicateur

### Indicateurs agroécologiques

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Distribution_indicateurs_agroecologiques.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 6.70))
fpar(ftext('Figure 4 :  Distribution des notes obtenues pour les indicateurs agroécologiques, regroupés par composante',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
fpar(run_pagebreak())
```

### Indicateurs socio-territoriaux

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Distribution_indicateurs_socio_territoriaux.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 7.49))
fpar(ftext('Figure 5 :  Distribution des notes obtenues pour les indicateurs socio-territoriaux, regroupés par composante',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
```

### Indicateurs économiques

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Distribution_indicateurs_economiques.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 5.9))
fpar(ftext('Figure 6 :  Distribution des notes obtenues pour les indicateurs économiques, regroupés par composante',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
fpar(run_pagebreak())
```

# La seconde lecture de la durabilité : approche par les cinq propriétés de la durabilité

## Matrice des résultats individuels

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Matrice_propriétés.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 3.9))
fpar(ftext('Figure 7 :  Matrice collective des résultats individuels par les propriétés',prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
```

## Fréquence d'attribution de chaque modalité

```{r}
fpar(run_linebreak())
img_path <- file.path(outdir,Sys.Date(),paste0("Groupe_",n_farm),"Graphiques","Fr\u00e9quence_propri\u00e9t\u00e9s.png")
fpar(external_img(src = img_path, width = 6.5, height = 3.9))
fpar(ftext("Figure 8 :  Fréquence d'attribution de chaque modalité pour chaque propriété",prop = fp_text(italic = TRUE)), fp_p = fp_par(padding = 20,text.align = "center"))
```
